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Em 1982, elege-se deputado federal constintuinte, voltando a se eleger ao cargo em 1986, na legislatura 1987 - 1991. Em 1990 volta a concorrer a uma vaga de deputado federal, sendo eleito neste mesmo ano para o período 1991 - 1994.


Em 1994, é eleito vice-governador na chapa de Antônio Mariz, aonde acaba assumindo o mandato, em virtude da morte do titular, cerca de dez meses depois de ter assumido o mandato de governador. Em 1998 disputa a candidatura à reeleição ao governo do estado pelo PMDB, onde o grupo liderado pelo então senador Ronaldo Cunha Lima e por seu filho, o então prefeito de Campina Grande, Cássio Cunha Lima, queriam indicar o nome de Ronaldo para a disputa do governo, com uma vantagem apertada. Maranhão vence Ronaldo na convenção do PMDB e é indicado candidato. Na eleição para governador, vence com cerca de 80% dos votos válidos, sendo o governador mais votado da história do Brasil, reelegendo-se governador da Paraíba.


Em 2001, rompe politicamente com a família Cunha Lima, que migra para o PSDB. No ano seguinte Maranhão renuncia ao governo do estado para candidatar-se ao senado, obtendo 831.083 votos, o senador mais votado da história da Paraíba. No governo do estado entra em seu lugar o então vice-governador Roberto Paulino, que com seu apoio se torna o candidato do PMDB ao governo, mas acaba sendo derrotado por Cássio Cunha Lima, que vence Paulino no segundo turno. Em 2006, Maranhão disputa novamente o governo da Paraíba, desta vez contra o então governador Cássio Cunha Lima, que foi eleito em segundo turno à reeleição, com cerca de 51% dos votos. Após a cassação de Cunha Lima por compra de votos, José Maranhão retorna ao Pálacio da Redenção como governador do estado da Paraíba. Seu hobby preferido é a aviação, sendo considerado um exímio piloto.
 

Derrotado no segundo turno da eleição de 2006, a coligação do candidato José Maranhão entrou com um processo no Tribunal Regional Eleitoral (TRE) da Paraíba, pedindo a cassação do mandato do governador Cássio Cunha Lima, por ter distríbuído mais de 35 mil cheques irregulares, por meio da Fundação de Ação Comunitária (FAC), nas vésperas da eleição e o TRE local cassou o governador, Cássio Cunha Lima, por ter alterado de forma significativa o resultado do pleito.


O processo foi julgado pelo TRE no dia 30 de julho de 2007, onde os juízes decidiram por 5 votos a 1 pela cassação do mandato do governador Cássio Cunha Lima e do vice José Lacerda Neto, cabendo à Assembléia Legislativa da Paraíba dar posse ao candidato José Maranhão a ao vice Luciano Cartaxo, imediatamente após a publicação da decisão no Diário Oficial do Estado. A defesa recorreu da sentença, alegando a inexistência da conduta vedada, contrariando a decisão da Justiça, e solicitou ao Tribunal Superior Eleitoral (TSE) uma liminar para que o governador permanecesse no cargo até o julgamento do caso no Tribunal Superior Eleitoral, liminar esta que foi concedida. Concomitantemente, o TRE da Paraíba iniciou o julgamento de outro processo contra o governador, desta vez acusando-o de usar o jornal "A União", de propriedade do governo do estado da Paraíba, por divulgar matérias tendenciosas à campanha de Cássio Cunha Lima, que foi novamente cassado pelo TRE, por 4 votos a 3.


O ex-governador Cássio Cunha Lima recorreu ao TSE e a corte determinou a cassação do ex-governador e a posse de José Maranhão, que voltaria ao Palácio da Redenção depois de 6 anos.


Em 17 de fevereiro de 2009, o TSE cassa em definitivo o mandato de Cássio, após julgados os embargos impetrados pelo então governador, sendo rejeitados pela corte e dando a Maranhão, segundo colocado no pleito referido de 2006, o direito de tomar posse como governador.


Em 20 de novembro de 2008, o Tribunal Superior Eleitoral cassou o cargo e derrubou a liminar que mantinha Cássio Cunha Lima (PSDB), e seu vice José Lacerda Neto (DEM) no governo do estado da Paraíba. Ambos são acusados de utilizar programas sociais para a distribuição irregular de dinheiro, via cheques, em um processo denominado Caso FAC (Fundação de Ação Comunitária). O presidente do TSE, Carlos Ayres Britto, disse que a decisão deverá ser cumprida a partir da publicação do acórdão.


O presidente ainda afirmou que o senador José Maranhão será empossado como governador em substituição a Cássio Cunha Lima (PSDB). José Maranhão renunciará ao cargo de senador para reassumir depois de seis anos, o cargo de governador. Porém o próprio TSE reavaliou o caso e determinou que o governador Cássio Cunha Lima teria o direito de permanecer no cargo até o julgamento final dos recursos interpostos.


Após o julgamento de tais recursos, em 17 de fevereiro de 2009 tem sua posse determinada pelo Tribunal Superior Eleitoral, assumindo desde então o governo da Paraíba, até 31 de dezembro de 2010.